上海市针灸经络研究所（简称针研所）是上海中医药研究院和上海中医药大学下属市级研究机构。前身是上海市针灸研究所（1958年成立）和上海市经络研究所（1964年成立），也是我国最早建立、规模最大的针灸专业研究机构之一。具有一支在临床、教学、科研等方面能力较强的针灸专业技术队伍。 

研究所科研实力雄厚，聚焦针灸作用原理，在针灸免疫、灸法研究、针灸物质基础等领域取得系列突破，科研竞争力突出：累计承担国家自然科学基金等国家级课题近百项，获国家科技进步二等奖、教育部科技进步一等奖、上海市科技进步一等奖等高层次奖项多项；牵头传承的“陆氏针灸疗法”与“海派灸法”已入选国家级和上海市非物质文化遗产代表性项目。同时，研究所每年培养硕博士毕业生20余名，并出版《上海针灸杂志》《针灸推医医学》（英文）2本学术期刊，有力推动了学科发展与人才建设。

建所以来，针研所在针灸治疗耳聋获得卫生部嘉奖；与上海市第一肺结核病院合作应用针刺麻醉肺叶切除手术获得成功，针刺麻醉临床研究成果通过国家科委鉴定；在针灸免疫领域内处于国内领先地位；针灸治疗甲状腺病、类风湿性关节炎、哮喘、溃疡性结肠炎、艾灸抗衰老、糖尿病和膀胱尿道疾病，针法（项从刺、骶髂刺、子午流注）灸法（化脓灸、隔物灸、穴位敷贴）等方面研究取得了较大进展。在灸法治疗肠腑病症的技术与临床应用、针灸治疗慢性病特色技术的临床转化及其生物学基础、艾灸对细胞免疫的调节作用研究、针刺治疗支气管哮喘与皮质激素关系的研究、针灸神经刺激疗法治疗尿道综合征的机理和临床应用研究、针灸文献的计算机检索与分析等多项研究获国家级、部市级科技奖。

针研所1959年起设立门诊部。目前医疗门诊部开设“针灸科”、“推拿科”、“中医内科”和“康复科”，以及“特需门诊”，为“上海市城镇职工基本医疗保险定点医疗机构”、“中国上海国际针灸培训中心临床实习基地”。医疗门诊部年服务量逾 10 万人次，近年来针研所对免疫、内分泌、神经、运动、心血管、消化、泌尿、生殖等系统疾病的针灸疗效机制进行深入研究。在治疗溃疡性结肠炎等多种疑难病症上特色显著，对针刺治疗免疫性、内分泌性疾病和各种疼痛性疾病有明显效果。