上海市针灸经络研究所自1958年成立起，即在全国著名针灸学家陆瘦燕、杨永璇、黄羡明、党波平等教授直接领导下，开展针灸研究工作。陆瘦燕为代表的海派针灸学术思想、杨永璇所提倡“伏针”、“刺络拔罐”方法，以及黄羡明教授针灸治愈印度尼西亚总统苏加诺肾绞痛和党波平研究员等针刺麻醉手术取得成功，为针灸学科的发展奠定了坚实的基础。推拿学是在新中国建立后，在全国著名的㨰法流派创始人丁季峰主任医师、一指禅推拿流派传人王纪松主任医师等推拿名家的直接领导下，开展了辨证与辨病相结合、中医与西医结合治疗脊柱病、脊柱相关性疾病、软组织损伤、四肢骨关节慢性损伤、部分内妇科、小儿科等领域疾病的工作。经过几代人的努力，在充分继承传统推拿理论和推拿治疗的基础上，逐步形成了治疗颈肩腰腿痛、筋伤等具有中医特色和优势的中医推拿学术体系。成为目前国内唯一具有完整的传统中医推拿学科学术体系和建制的临床学科，也是国内唯一具有推拿研究所建制的院所合一的学科。学科于1998年确立为全国中医推拿医疗中心, 2001年为国家中医药管理局针灸学重点学科，2002年确立为上海市针灸推拿临床医学中心。拥有针灸免疫实验室、推拿生物力学实验室和临床免疫实验室三个国家中医药管理局三级实验室。

   针灸推拿学科2005年入选上海市第二期重点学科，学科带头人为吴焕淦教授。2008年6月顺利通过上海市重点学科（第二期）验收。2008年10月针灸推拿学列为上海市重点学科（第三期）。2010年11月上海市教育委员会对38个上海市重点学科（第三期）和70个上海市教育委员会重点学科（第五期）进行了中期评估，全市各类重点学科中有6个学科被评为“优秀”，针灸推拿学重点学科即在此列，成为6个优秀重点学科之一，学科建设工作得到充分的肯定。